يهدف برنامج ماجستير إدارة الأعمال في جامعة المعقل إلى إعداد قياداتٍ إدارية مؤهّلة علمياً وبحثياً في مجالات الإدارة والاقتصاد، عبر مقرّراتٍ متقدّمة في الإدارة المالية والموارد البشرية والعمليات والتسويق والإدارة الاستراتيجية والأساليب الكمّية، إضافةً إلى إعداد رسالةٍ علمية في السنة الثانية. ويحقّ للطالب اختيار المقرّر الاختياري بعد اجتياز أربعة مقرّراتٍ إجبارية على الأقل.