تُعدّ دراسة الماجستير في قسم هندسة السيطرة والحاسبات برنامجاً متقدّماً يهدف إلى بناء قاعدة معرفية وبحثية عميقة تجمع بين التحليل الهندسي التطبيقي والتطوير التكنولوجي الحديث. يمنح البرنامج الطالبَ حرية اختيار مقرّراته وفق مساره البحثي، ويتوّج بإعداد رسالةٍ علمية أصيلة تُسهم في معالجة مشكلاتٍ هندسية واقعية في مجالات الحاسبات والتحكم والذكاء الاصطناعي وأمن المعلومات.